A inizio febbraio 2020 il Prof. Pani condivideva alcune riflessioni sull’evoluzione del Covid-19, anche per l’osservazione attenta di strumenti che rappresentavano la genesi di virus diversi, tra cui questo nuovo che iniziava a diffondersi con una velocità maggiore rispetto ad altri già noti. In particolare, si sofferma su quanto emerge dalla piattaforma NextStrain.org sviluppata dal team di ricerca guidato da Richard Neher, biologo evoluzionista dell’Università di Basilea, che mostrava la possibile origini e, in tempo reale, le trasformazioni che questo stava subendo e rilevato dalle varie ricerche effettuate a livello globale, dove il virus veniva esaminato dai ricercatori. “Perché i virus, nella loro straordinaria e silenziosa capacità mutagenica adattiva, lasciano tracce in tutto il mondo”
Autore: Prof. Luca Pani, Università degli Studi di Modena e Reggio Emilia (pagina personale)
Alcuni anni fa (ndr. 2017), il gruppo di ricerca guidato da Richard Neher, un biologo evoluzionista dell’Università di Basilea, si mise in testa di studiare i cambiamenti del corredo genetico dei virus influenzali per cercare di costruire vaccini più efficaci. Svilupparono allora un’interfaccia online che integrava e analizzava costantemente i più recenti dati di sequenziamento virale e pubblicava i risultati in un browser web interattivo con accesso e disponibile gratuitamente.
Valutarono poi che l’influenza – nonostante il suo ineguagliato primato di letalità stagionale (di cui qualcuno sembra essersi dimenticato) – non meritava di rimanere l’unica a essere esaminata. Il team costruì, quindi, una piattaforma simile per tracciare la trasmissione della MERS e dell’Ebola, e caricò tutto su un sito chiamato NextStrain.org – che vale la pena visitare, perché è particolarmente istruttivo -.
I virus nella loro straordinaria e silenziosa capacità mutagenica adattativa, infatti, lasciano delle tracce in tutto il mondo che possono essere osservate, quasi in tempo reale, seguendo l’evoluzione delle sequenze genomiche che li costituiscono.
Oggi, ad esempio, si rileva che il nuovo coronavirus, che sta terrorizzando il pianeta, tende a cambiare il suo RNA, mutando a un ritmo abbastanza elevato. Queste mutazioni permettono di raggruppare i virus in “superfamiglie” e si nota chiaramente che tutte le sequenze sono quasi identiche tra loro, perché strettamente correlate. Con il passare del tempo il ceppo virale originario del HCoV-19 ha iniziato a generare mutazioni indipendenti e a causare epidemie in diverse parti del mondo. È dunque possibile raggruppare queste sequenze per composizione genetica e ricostruire l’albero di trasmissione del virus.
Nel momento in cui scrivo [nrd. febbraio 2020] sono stati segnalati 85.147 casi con 2.914 decessi (il 3,4%) in tutto il mondo (in Italia la mortalità è pari al 2,3%), mentre il numero totale di individui infetti potrebbe essere di 200.000, così come anche del triplo, perché non sappiamo esattamente quanti pazienti asintomatici ci siano, certamente la stragrande maggioranza.
Se osserviamo la piattaforma di NextStrain.org si può osservare un “albero virale” che prende forme diverse, a seconda di come l’epidemia è cresciuta, e del futuro sviluppo che avrà. Il fatto che abbia diverse ramificazioni – che si incontrano molto in profondità – significa che c’è stata una rapida espansione all’inizio dell’infezione che ha allontanato le principali superfamiglie virali. Più precisamente l’analisi dimostra che, in una sequenza unica di circa 30.000 basi, ci sono state 8 mutazioni principali consentendo di ipotizzare che il primo salto nell’uomo (il Paziente Zero) sia avvenuto in Cina tra la metà di novembre e l’inizio di dicembre. Quello che questi dati non rivelano, invece, sono le informazioni sulla gravità dell’infezione, ma – considerando come le diverse epidemie nei differenti paesi si stanno raggruppando tra loro e come evolvono a livello locale – la piattaforma di NextStrain.org non dubita sulla ipotesi che l’infezione da HCoV-19 si trasformerà in una pandemia. Speriamo si sbagli.
Per approfondimenti: Coronavirus’s Genetics Reveal Its Global Travels